1、核算科目：专项应付款，搬迁补偿款的存款利息，转入专项应付款核算。
2、如果在搬迁和重建过程中发生了损失或费用，要分别处理:
(一)因搬迁过程中发生的出售、报废或损坏的固定资产，按固定资产清理核算，专项应付款核销净损失。
(二)因机器设备在拆卸、运输、安装等过程发生的费用，专项应付款科目
直接核销。
(三)企业因搬迁过程中而灭失的、已作为资产单独入账的土地使用权，专项应付款科目直接核销。
(四)因企业拆迁，用于安置职工的费用支出，专项应付款科目直接核销。
3、企业结束搬迁后，如果专项应付款仍有余额，调增资本公积金，如果专项应付款不足时，要转入入当期损益。不论是转入资本公积金还是当期损益都要在报表单独披露。
二、收到搬迁补偿款的会计处理举例
（A）、企业收到拆迁补偿款 2000万元
借：银行存款 2000
贷：专项应付款 2000
（B）、发生了搬迁支出400万元
借：管理费用 400
贷：银行存款400
同时： 借：专项应付款 400
贷：其他收益 400
（C）发生了固定资产的变化1000万元时
借：固定资产1000
贷：银行存款 1000
同时：
借：专项应付款1000
贷：递延收益 1000
（D）、假设折旧年限为10年，计提折旧时（全年金额）：
借：管理费用-累计折旧100
贷：累计折旧（摊销） 100
同时： 借：递延收益 100
贷：其他收益 100
（E）、结转政府补偿款
借：专项应付款2600
贷：资本公积——其他资本公积2600
三、税收处理
（1）增值税处理
根据相关规定：拆迁补偿款免征增值税”
（2）企业所得税
搬迁所得=搬迁所有收入-搬迁所有支出，搬迁所得计入当年度企业应纳税所得额纳税。
（3）、个人所得税
被拆迁人按照国家相关规定标准取得的拆迁补偿款，免征个人所得税。
（4）城镇土地使用税
对安置住房的用地，免征城镇土地使用税。
（5）、印花税
免征对安置住房的建设和分配过程中，应由项目、单位缴纳的印花税。
（6）、土地增值税
国家建设需要的依法征收和收回的房地产，免征土地增值税。
（7）、契税
居民因个人房屋被征收而选择货币补偿并用以重新购置房屋，并且购房的成交价格不超过货币补偿的，对新购的房屋免征契税。