渎职犯罪的认定，就是发现并固定被调查人渎职行为的违规点，依法鉴定或审定损害结果，并建立渎职行为与损害结果之间因果关系的证明过程。
一、违规点的认定。认定违规点，首先要查清被调查人的职责。所需证据以书面证据为主，一是单位的“三定”方案，确定单位的职责职权；二是个人任职分工文件或会议记录，固定其个人具体职责；三是一些内部规定、工作程序、年终总结、目标考核材料、个人签订的责任状等，将个人职责进一步具体化、明确化；四是相关证人证言，用于印证上述书证反映的职责，并查证是否存在临时分工调整等特殊情况。
其次，要锁定渎职行为“点”，就是找渎职行为的违规点。渎职行为包括作为和不作为，通过“积极作为”方式渎职的一般留下的证据较多，相对好搜集；以不作为方式渎职的相对证据较少，一般通过搜集被调查人的职责，辅以其不作为的客观事实，通过分析论证予以证明。证明作为或不作为，都应该有明确的、具体的违规点，而不能大而化之。以国有企业领导人员渎职犯罪为例，一些国企领导人员的渎职行为往往隐藏在所谓“正常”经营活动之中，企业投资活动可能盈利，也可能亏损，可能赚得多，也可能赚得少，这就存在怎么将正常的投资亏损和渎职犯罪区分开来的问题，其实质也即是否存在违规点的问题。具体可以从以下角度加以证明：首先，应证明其应承担的总体责任，国资部门一般都规定了企业负责人应当“忠诚勤勉地履行管理职责，实现国有资产保值增值以及资本收益最大化”；其次，证明其具有正常履职、保证资本收益最大化的客观条件。可通过相关证人证言证实，如在收购活动中证实国企处于有利地位等。最后，查找国企负责人的具体违规点，如违反了“三重一大”决策制度等。“三重一大”制度规定，决策事项应当提前告知所有参会人员并提供相关材料，要经过参会人员充分讨论并分别发表意见，主要负责人最后发表意见等。一般企业负责人虽然会以合规的集体决策形式掩盖其滥用职权的违法行为，但在具体操作中往往会违反相关规定。有的是在会议前临时发放相关材料，使参会人员难以有时间研究和思考，有的是国企负责人首先进行表态性发言，堵住了其他成员提反对意见的机会等。通过以上证据基本能锁定违规点。
二、损害结果的认定。根据司法解释，渎职犯罪造成的损害主要有三类：一是造成人身伤亡，如造成死亡1人以上，或者重伤3人以上，或者轻伤9人以上等情形，应认定为“重大损失”。二是造成经济损失，如损失30万元以上的为“重大损失”，损失150万元以上的为“情节特别严重”，此处需要注意的是，经济损失是指渎职犯罪或者与渎职犯罪相关联的犯罪立案时已经实际造成的财产损失，包括为挽回渎职犯罪所造成损失而支付的各种开支、费用等。在司法实践中，经济损失可以通过具有司法鉴定资质的单位出具鉴定意见的方式认定。三是造成恶劣社会影响情况，这类情况多通过书证、证人证言等方式证明。
渎职犯罪的损害结果，一般以实际财产损失金额计算，但在近年来的案件中，认定思路有所突破。如原铁道部部长刘志军案件中，判决书中认定，被告人刘志军在担任铁道部部长期间，违反规定，徇私舞弊，为丁羽心及其亲属实际控制的公司获得铁路货物运输计划、获取经营动车组轮对项目公司的股权、运作铁路建设工程项目中标、解决企业经营资金困难等事项提供帮助，使丁羽心及其亲属获得巨额经济利益，致使公共财产、国家和人民利益遭受特别重大损失。在该判决中，将丁羽心及其亲属获得巨额经济利益，作为判断公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的依据之一。该案例对今后同类型案件认定有借鉴意义。
三、因果关系的认定。渎职犯罪绝大部分为结果犯，即以渎职行为导致损害结果的发生作为犯罪构成要件，而渎职行为与损害结果之间因果关系问题一直是认定渎职犯罪的一个难题，渎职犯罪中的因果关系往往呈现出多因一果、直接或间接原因、外部因素介入等复杂情况。公职人员的渎职行为与损失后果之间能否建立刑法意义上的因果关系，决定了案件的结果。
实践中，渎职犯罪的类型不同，渎职行为与损害结果之间因果关系认定也有各自特点。在滥用职权类渎职犯罪中，渎职行为与损害结果之间的因果关系往往比较直接，较易认定。在实践中要注意划分领导责任和直接责任。对于领导责任而言，如果具体行为人是按照领导的指示违规办理公务，而造成损害结果，则做出指示的领导应该承担直接责任；如果具体行为人擅自违规处理公务，领导明知应当制止而没有制止，则领导与具体行为人共同承担刑事责任；如果领导因未发现而没有制止，则根据其是否应当发现，而承担玩忽职守的责任或者不承担刑事责任。对于直接责任而言，具体行为人面对领导提出的错误要求，是否提出了反对意见直接影响其是否构成犯罪。
在滥用职权、徇私舞弊、玩忽职守三类渎职犯罪中，玩忽职守类渎职犯罪中的监督过失型渎职犯罪的因果关系最难以证明。监督过失型渎职犯罪主要存在于安全责任事故领域，比如安全生产、食品药品安全监管等，此外在工程建设领域、国土领域的审批环节中，也可能出现监督过失型渎职犯罪。
监督过失型渎职犯罪因果关系的难点主要在于，在监督者的过失行为和损害结果之间，往往会出现被监督者的介入行为，因被监督者的行为直接导致了损害结果的发生，使得渎职行为和损害结果之间的关系变得复杂、间接。监督过失型渎职犯罪因果关系认定的基本思路为，监督行为与损害结果之间是否存在阻断关系，也即如果监督者认真履职，则损害结果就不会发生，则监督者的失职行为与损害结果之间就存在因果关系；如果监督者即便履职了，依然不能阻止损害结果的发生，则二者之间就不存在因果关系，不能认定犯罪。
